抗生素是细菌、放线菌、真菌等的某些代谢产物，它对各种微生病原体有强大的抑制作用。按抗菌谱可分为抗革兰氏阳性细菌抗生互（青霉素、红霉素）、抗革兰氏阴性细菌抗生素（链霉素、多粘菌素E），广谱抗生素（金霉素、氯霉素）和抗真菌抗生素（制霉菌素）等。
青霉素 每尾亲鱼腹腔注射10-20万单位青霉素，可防治亲鱼产后感染。
鱼苗鱼种长途运输时，每50公斤水加40-50万单位青霉素可提高运输成活率。
注意事项：此药过期易失效。

链霉素 使用方法同青霉素。

氯霉素 预防时，每公斤饵料混入0.1-0.2毫升（每毫升中含氯霉素50毫克）。治疗时，每公斤饵料中混入0.5-1.0毫升，投喂2-15天，可治疗鲤鱼、鳗鱼的弧菌病、腹水病、疖疮病、赤鳍病、类结节病、诺卡氏菌症和溃疡病等。药浴治疗时，把10-20毫升的氯霉素溶于10升水中药浴8-24小时后，可治疗细菌性鱼病。
注意事项：捕捞上市前3天停止用药。

金霉素 10%的金霉素在口服法使用时，预防剂量为每公斤鱼20-50毫升；治疗剂量为每公斤鱼200-500毫升，拌入饵料，投喂2-5天。
防治鱼类弧病气单胞菌病和粒状粘菌性疾病时，药浴浓度为0.01-0.03%，每次药浴时间为3-20小时。药浴期为1-5天。使用浓度为12.5微克/毫升的金霉素水溶液浸洗30分钟可防治白皮病。
注意事项：遇光易变质，不宜接触金属和碱性物质。捕捞上市前3天停止使用。
土霉素（又名四环素） 药物拌入饵料后内服。预防剂量为每公斤鱼每天给药2-10毫克，连喂3－7天；治疗剂量为每公斤鱼每天10-25毫克，连喂3-7天，可防治白皮病、腐皮病、疖疮病、鳗鱼赤鳍病、鲤鱼烂鳃病等。
注意事项：此药在碱性下即分解失效。

红霉素 用禽用红霉素（每克含25万单位）全池遍洒可防治白头白嘴病及烂鳃病。