抗生素所发挥的积极作用主要体现在防治水生动物疾病、促进生长、节约营养成分等方面。尤其是抗生素的应用有效控制了许多水产疾病的发生，促进了水产养殖业的发展。但是，由于抗生素的不断使用容易产生耐药菌株、存在药物残留以及容易破坏水生动物微生态平衡，一方面使得水产养殖疾病越来越难治；另一方面水产品质量安全得不到保证.因此，为了人类的健康和水产养殖业的可持续发展，必须充分认识到抗生素在水产养殖中所带来的副作用。抗生素的副作用集中表现在以下几个方面。

　　1.耐药菌株的产生。某种曾经有效的抗生素在生产上低剂量、长时间使用后，会出现药效减弱或完全消失的现象，这是因为病原菌对抗生素产生的抗性或耐药性，即产生了耐药菌株。耐药菌株的产生使得生产上用药量越来越大，药效越来越差，既增加了生产成本，又增加了防治难度。耐药菌株的产生同时也对人类的公共卫生构成威胁。

　　2.在水产品中产生药物残留。抗生素使用后进入水生动物的血液循环，大多数会被排出体外，极少数则会残留在体内组织中，并且随着多次使用在体内蓄积起来。抗生素的残留在影响人类身体健康的同时，也会影响水产养殖业的发展。

　　3.破坏微生态平衡。水是水生动物赖以生存的环境，其中有许多有益微生物，如光合细菌、硝化细菌等；水生动物肠道里也有大量的有益微生物，如乳酸杆菌、部分弧菌等。它们在维持水环境的稳定、水生动物代谢平衡中起着关键性的作用，成为水产动物体内外微生态平衡中的重要组织成部分。抗生素的使用在抑制或杀灭病原微生物的同时也会抑制这些有益微生物，使水生动物体内外微生态平衡被破坏，导致微生物恶化或消化吸收障碍而引起新的疾病。

　　4.对免疫系统有抑制作用。抗生素对免疫系统的作用主要表现为对吞噬细胞的抑制。一是抗生素直接影响吞噬细胞的功能；二是通过影响微生物而影响吞噬细胞对微生物的趋化、摄取和杀灭等功能。

　　抗生素在水产养殖疾病防治中虽然有较好的应用效果，但是随着人们生活水平的提高，对水产品的质量安全意识不断增强，抗生素利弊之间的矛盾日益激化，已经引起人们的普遍关注。因此，为了生产无公害水产品，提升水产品质量，应该科学、合理地认识抗生素使用的利与弊，要谨慎使用抗生素，严禁使用国家违禁的氯霉素、红霉素、杆菌肽锌、泰乐菌素、环丙沙星等抗生素药物，以确保养殖水产品安全卫生。