生物在生命活动中，不断排出一些有毒气体，积累在水中，这些物质在封闭水体中对养殖
生物本身是有害的，在疾病流行季节，在不换水的情况下使用生物来净化养殖水体，使水
中的各种指标符合养殖需要！
1，微生物的净化:有益微生物能分解水中的有机物，减小水中的有害物质和气体，对养殖环境非常有利，现在在养殖生产中用的较多的有光合细菌，硝化细菌和硫化细菌，这些有益生物制剂已经有大量商品化生产。在水产实际应用中取得很好的效果，现在已经大量被使用，不过，市场上很多产品都是没有达到标准，很多都把细菌数量夸大，如:光合细菌一般有1—8亿每毫升已经很不错，但是，有很多产品却说有几十亿，这都是假的，现在在商品生产还没有达到这个水平！
2，植物净化:池塘内有机物的最终产物是无机盐，浓度过高会影响养殖动物的生长。在利用微生物净化水体的同时，用植物的光合作用来利用水中的营养盐，防止水体老化而败坏水质，在池塘中一般混养江蓠、栽种大叶藻、沟草等水生植物，可以减轻池水的肥度，并且可以繁殖一些小动物，增加池塘生物饵料。
3，滤食生物的净化:池塘中浮游植物过量也是有害的，利用滤食生物来控制浮游植物生长对维持水体稳定非常重要。在淡水中可以适当放养花白鲢，在海水中可以放养遮目鱼，也可以适当放养一些贝类。但是，不可以放养过大，否则。把浮游植物都吃光了，反而破坏池塘内生态平衡，这是应该注意的问题，要根据水体的肥度等具体情况来决定放养量。
4，人造海草的净化:人造海草是用抗腐烂的人造纤维或塑料薄膜，扎成草把，作为生物载体，吊挂在池塘中，使其上附有各种有助于有机物转化的细菌菌膜，以及硅藻类、原生动物、侥足类等。所以，有净化水质和增加生物饵料的功用.
在目前环境恶化的今天，生态养殖在水产养殖中日益被看重，而用生物净化办法来为养殖水体创造一个人工的生态环境将越来越被重视。