>1）固体排泄物被强行抽进砂床内，由于这类固体排泄物须要一段很长的时间才能被分解掉，或不能被分解。而且在一般的情况下是不会清洗砂床的，这些排泄物将会不段地被吸进砂床内而累积起来，日子越久，积聚的废物便越多，长此下去会为鱼缸内的生物带来潜在的危险。
2）耗用水中的氧份 。
3）由于在底砂过滤法中，带氧的海水被强迫性地抽进砂床内，所以寄居于砂床内的只有好氧菌，不能提供缺氧的环境让厌氧菌把硝酸盐 Nitrate（NO3—）分解为氮气 Nitrogen gas（N2）及氧气（O2）。
氮化合物的循环
氮化合物循环的步骤:
氨 Ammonia（NH3）经鱼类及其他水中生物从体内排泄出来，或是经由腐烂的剩余食物制做出来的，在 0.1mg/L 时会为鱼类带来紧张及压迫，在 0.2 — 0.5mg/L 时还会为鱼类做成毒害。Ammonia 在电离子状态下以 Ammonium ion（NH4+）存在，是没有毒性的。两者在水中形成平衡状态，而且相对浓度会受到 Ammonia—Ammonium，pH 及温度而改变。
注:如 pH 值稳定在 8.3 而温度上升，Ammonia—Ammonium 的平衡状态会移向较为有毒性的 Ammonia 方面。提高 pH 值也会带出同样的效果。
首先好氧的硝化细菌（Nitrosomonas，Nitrosococcus，Nitrosospira，Nitrosocystis）把氨 Ammonia 氧化成亚硝酸盐 Nitrite（NO2—），亚硝酸盐 Nitrite 在 5mg/L 时会为水中生物做成毒害，也不会像 Ammonia 因 pH 值改变而变成无毒性的。
然后亚硝酸盐 Nitrite 会被另一类好氧的硝化细菌（Nitrobacter，Nitrococcus，Nitrospira，Nitrocystis）氧化成毒性比较低的硝酸盐 Nitrate（NO3—）。高浓度的硝酸盐 Nitrate 对藻类及一部份软珊瑚是有用的，但在 40mg/L 时仍会为一些鱼类及无脊椎生物带来紧张及压迫。
最后硝酸盐 Nitrate 可被植物或藻类（Algae）吸收或最有效的经换水去除。或者经厌氧菌（Denitrobacillus，Micrococcus，Thiobacillus，Pseudomonas，Sulfomonas）在无氧区（Anaerobic）或生物石中把硝酸盐 Nitrate 分解为氮气 Nitrogen gas（N2）及氧气（O2），氮气及氧气会溶解在水中及经由空气交换（gaseous exchange）回到大气当中。

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