EM制剂的商业化趋势远比硝化细菌制剂容易的多，因为许多EM都可以形成内孢子而被长久储存，包括好气、厌气或兼气性种类，都可以轻易制成液体或粉状制剂。孢子是一种微生物真正的休眠状态，它们能在瓶封中长久被保存，而且的活化率极高。许多EM制剂都不是单一种类，它们都是混合产品。

　　EM制剂具有结构复杂、性能稳定、功能广泛、使用方便、制造及保存容易、价格便宜，且能促进动植物生长，增强抗病能力，去除粪便，改善养殖环境，提高成活率等优点，所以自然成为微生物制剂的主流。然而，有些EM制剂是挂牌「硝化细菌」贩卖，我们宁愿认为它们不是有意「鱼目混珠」，其实仅是「商品名称」而已，而非真正相对应名称的微生物制剂。

　　EM制剂不宜过量滥加，尤其是液体EM制剂中的菌液，可能含有大量培养EM的「母液」，它们都是溶解性的蛋白质、脂肪、醣类等。此种产品加太多，反而会给水族缸带来「添加式有机污染来源」，可能因此造成混浊问题及氨值剧增的危险。使用EM制剂的目的，只是希望把优良的菌株引进我们的水族缸，它们的繁殖力相当强，只需少量添加，就能产生很大的效果。

四、光合细菌是否适用于水族缸

　　光合细菌极少有粉末状产品，它们都是液态产品，因为液态产品远比粉末状产品更容易生产，而且效果也大得多。因此没有人愿意以较高花费的方式，来生产低效果的产品。更何况光合细菌一旦经过冷冻干燥之后，存活率偏低，更谈不上商业化应用了。

　　光合细菌在不同的自然环境下，具有多种不同功能，例如，固氮、脱氮、固碳、除硫化氢等作用，与自然界的物质循环有密切的关系，在环境自净过程中，担任着重要的生态角色，因此在水产养殖中，自然会被选用为微生物制剂之一。

　　光合细菌的种类不少，不过它们都具有能在厌气和光照条件之下，进行不产氧的光合作用之共同特征。以自营性的光合细菌而言，它可以利用光能把二氧化碳及硫化氢合成醣类。以兼营性（又称混合性，意指同时具有自营及异营双重特性者）的光合细菌而言，它可以利用光能把二氧化碳及某些有机物或硫化氢合成醣类。这两种光合细菌在光合作用中主要的差异在于「供氢体」不同。

　　自营性的光合细菌在光合作用过程中，系以硫化氢或其他无机硫化物作为唯一供氢体，并及以二氧化碳或碳酸盐类等无机碳为碳源。兼营性的光合细菌则优先以环境中的既存的有机物作为供氢体，如果缺乏这种资源，亦可改以硫化氢作为供氢体，但效率较差；在碳源方面，以有机碳（如环境中的既存的有机物）为主，或无机碳（如二氧化碳）为辅，所以兼营性的光合细菌在厌气环境中，可以利用光合作用消耗环境中的某些有机污染、二氧化碳或硫化氢等。

　　自营性光合细菌只能生存于有光及厌气环境，由于水族缸中的光照区都属于好气环境，因此这类制剂很难应用于一般水族缸作为净水剂。兼营性光合细菌既可以生存于好气环境中，也能生存于厌气环境中，所以对环境的适应能力较强，可以应用于一般水族缸作为净水剂，不过其效能可能会受限制。

　　无论是那一种光合细菌，在厌气条件下，都能利用硝酸盐呼吸，因此具有脱氮的作用，亦可以归类为脱氮菌的种类。不过它们所需要的氮源通常不是来自硝酸盐本身，而是其他含氮物质。以自营性光合细菌为例，它可以直接吸收利用铵盐，或藉由固氮作用摄取水中的氮气获得氮源。而兼营性光合细菌主要以摄取含氮有机物作为氮源。

　　由于自营性光合细菌在生长过程中会吸收铵盐作为氮源，因此可以间接降低氨的浓度，有些商品把它称为「光合硝化细菌」，其实它根本不会进行硝化作用，这样的称呼就如同把水草称为「光合硝化植物」一般可笑。也有人说这是一种由光合细菌与硝化细菌混合的复合制剂，同样也是说不通的，因为二者的生态完全不同，无法共存于同一储藏环境中。

　　在水族缸中能应用到的光合细菌主要是兼营性种类，其中又以红螺菌科（俗称光合红菌）为代表。这类细菌的培养相当容易，只需给予菌种适当的有机培养液，则不管在厌气或好气，以及在有光或无光的条件下，均能进行光合生长，或像异营性细菌一般进行营性生长。

　　使用光合红菌做为水族缸的净水剂，主要是利用它的异营性，而非它的自营性，因为它的自营性必须在「有光无氧」的条件下才能发生作用，水族缸缺乏此种环境。由于许多EM的异营能力远比光合红菌强许多，因此，如果为了除去水体中的有机污染，宁可选用EM制剂，而非光合红菌制剂。在厌气的环境中，它的菌液会有发臭的现象，在水族馆所购买的光合红菌主要是这一种。

五、复合微生物制

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