面淤塞的问题，除了使用底层过滤水流作颠倒式操作之外，还可利用分离式过滤法和砂砾真空法。前者是利用外置强力过滤器将水中杂质尽量清除后再流经底层过滤，有关机械式过滤器的流量往往高于底层过滤。
而采用砂砾真空法是一个最佳办法，可搭配分离式机械过滤器。方法是利用一条较大的管子插入砂砾层中，当水从水缸抽进时砂砾会在管子里旋转滚动，借此将杂质去除。这个方法在每星期换水时操作极为有效。也有水族爱好者批评这个在管子里滚动砂砾的方法，称会间接导致不少氮化细菌的流失。但是，除了在一般饲养生物过份挤迫的水族箱外，流失少量的氮化细菌的问题不太。
在砂砾上放置过多的岩石和沉木也影响生物性过滤的进行，这些被视为死角的位置往往会阻碍水流通过，因而缺乏氮化细菌的集结。因此，在换水过程中宜将这些岩石和沉木移位使之可以方便吸取沉积的杂质。另一方面，有些水族爱好者怀疑砂砾层中没有氧份的地方也可能同时缺乏足够的水流。其实，这种质疑是无谓的，为了确保水流通畅流经砂砾层，只需以氮化细菌过滤有杂质的水即可。
有水族爱好者怀疑悉心料理底层过滤会否真正提供理想的生物性过滤？答案是肯定的，但也要注意饲养的鱼种，过份喜欢翻动砂砾的鱼类造成的过滤板暴露只会导致水直接流向过滤板，而不再经过砂砾层了。另外，如果较大的水族箱采用了数块过滤板就必须每块过滤板的的水流动力源都是都是独立的，以保证不会不会降低相互间的水流冲突。
过去数年里，水族爱好者异口同声地批评底层过滤，虽然有些制造商设法力挽狂澜，但依然无法改变恶劣印象，但无论如何，只要悉心料理、保养，采用底层过滤仍不失是一个既便宜又有效的方法

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