水族箱经过一段时间的培育后，会地缸壁、岩石、沉木以及过滤器中的生化棉、生物球上发现一层滑滑的粘膜，这层粘膜便是由各种细菌、真菌以及原生动物组成的小的生态系统，叫做生物膜。生物膜形成后，会吸收水中各种有机和无机污染物为自身营养并繁殖后代，从而达到净化水的目的，此时的生物膜由好氧菌组成。生物膜在繁殖的过程中不断加厚，当厚度达到或超过2毫米时，内层的生物膜由于缺氧的原因，逐渐由厌氧菌取代，生物膜不断地加厚，由一层变为两层，外层由好氧菌组成，内层由厌氧菌组成，内层的厌氧菌将大量的代谢产物透过外层的好氧菌排到水中，因而而使外层的好氧菌受到破坏而脱落，此时的厌氧菌便处在氧气充足的环境中，因而也开始脱落，这一过程叫生物膜的老化。老的生物膜脱落之后，还会形成新的生物膜，脱落的生物膜是鱼类的良好饵料，脱落的生物膜并没有死去，如果把它们收集起来，不使之附着在其他物体上，并在水中充入充足的空气或氧气，让它们在水中不断的翻支，只要水中具有充足的营养和适宜的温度它们便能很快的繁殖起来。这些没有附着在其他物体上的、没有形成膜的微生物群体，叫活性污泥，它们仍然具有很强的净化水质能力。
　　生物膜在水质净化中起着重要作用，在水族箱的生态系中占有很重要的位置，它使氨氮转化为亚硝酸盐，亚硝酸盐转化为硝酸盐，磷转化为磷酸盐，硫转化为硫化物，铁转化为铁盐，使有毒有害物质无毒无害化，使有机物转化为无机盐，成为水草的肥料。所以在清洗水族箱时尽量不要洗去生物膜。在清洗之后，也一定要添加硝化细菌和光合细菌制剂，使生物膜尽快形成。