曲颈龟亚目Cryptodira:包括现存的大多数龟鳖类，分布广泛，陆地、淡水和海洋中均能见到。
　　鳄龟科Chelydridae:分布于北美洲的两种大型淡水龟，头大而嘴成钩状，性情凶猛。

　　平胸龟科Platysternidae:仅一种，分布于亚洲，有些类似啮龟而体型小，分类地位不定，也有人将其归入啮龟科、龟科、潮龟科或陆龟科。

　　龟科Emydidae:主要为新大陆的淡水龟类。

　　潮龟科Bataguridae:主要为旧大陆的淡水龟类，包括一些我国最常见的龟，常被并入龟科。

　　陆龟科Testudinidae:陆栖的龟类，分布于澳洲以外的世界各地，包括一些海岛。

　　泥龟科Dermatemydidae:现存仅一种，分布于中美洲，我国有很多化石。

　　动胸龟科Kinosternidae:分布于新大陆的淡水龟类。

　　鳖科Trionychidae:外表为皮肤而非角质盾片，主要分布于亚洲淡水中，非洲和北美洲也有分布，而澳洲只有化石。

　　两爪鳖科Carettochelyidae:外表为皮肤而非角质盾片的淡水龟类，现存仅一种，分布于新几内亚和澳洲北部，我国的化石种类无盾鳖可能属于此类。

　　海龟科Cheloniidae:生活于海洋中的具角质盾片的大型龟类。

　　棱皮龟科Dermochelyidae:生活于海洋中的不具角质盾片而为皮肤覆盖的大型龟类，现存仅一种，是现存最大的龟鳖类。

　　下孔亚纲Synapsida:即似哺乳爬行动物，是哺乳动物的祖先，生活于古生代晚期和中生代。
　　盘龙目Pelycosauria:早期的似哺乳爬行动物，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，灭绝于二迭纪。

　　兽孔目Therapsida:进步的似哺乳爬行动物，出现并繁盛于二迭纪，于三迭纪进化成哺乳动物，只有少数残存到三迭纪之后。其中晚期的进步类型与哺乳动物没有什么差别。

　　调孔亚纲Euryapsida:主要是海洋中的爬行动物，出现于三迭纪早期，是双孔类的后裔，常被并入双孔亚纲，在白垩纪晚期全部灭绝。
　　鳍龙目Sauropterygia:包括幻龙、蛇颈龙、盾齿龙等。

　　鱼龙目Ichthyosauria:高度适应海洋生活的爬行动物，体型似鱼。

　　双孔亚纲Diapsida鳞龙下纲Lepidosauria:较原始的主干爬行动物，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，也是现代最繁盛爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员。
　　始鳄目Eosuchia:早期的鳞龙类，是其他双孔类的祖先，也是生存历史最长的爬行动物，在新生代早期尚延续了一段时间，也有人将最早的和最完的类型置于新的目。

　　喙头目Rhynchocephalia:原始的鳞龙类，绝大多数生存于中生代，仅有楔齿蜥残存到现代，是现存最原始的爬行动物。

　　楔齿蜥科Sphenodontidae:现存最原始的爬行动物，仅2种，分布于新西兰及附近岛屿。

　　蜥蜴目

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