细菌（微生物）存在于自然界，可利用于食品加工、堆肥、水质净化等。在自然界中筛选出具“安全性、有用性”的优良细菌，加以繁殖培养为有效益的微生物。

　　细菌概略可分为酵母菌、乳酸菌、光合成菌、固态氮菌、放射菌、丝状菌、枯叶杆菌、麴菌等，以上使用于水族界，其目的主要以分解水中有机物或抵销有害物质。

　　有机物在分解的过程中，以氧化过程（有氧状态）与发酵过程（无氧状态）两种方式进行，分别为嗜氧性微生物与厌氧性微生物在进行分解工作。当有机物在分解时产生恶臭的原因是因“有害的厌氧性菌”，在分解时产生阿摩尼亚或硫化氢等所引起的。

EM在水缸中的角色

　　在水族界中常听到的“硝化菌”一词，乃是狭义的指微生物各项功能中对于硝酸系列的硝化作用，而忽略了其他各项功能的微生物。将纤维素等化合中的水氧基，以硝酸机制换为硝酸酯，而硝化菌就是将阿摩尼亚经由亚硝酸，氧化为硝酸的反应称为硝化作用。

　　EM以生成抗氧化物质进行中繁殖，同时接连不断的分解有机物而不释出人们讨厌的臭气，将物废物分解且形成回归自然的有用元素。其功能与PM相反。

　 生物体所含物质（糖、蛋白质、脂肪等）、残饵、残叶等在水中少部分由生物代谢外，大多数含有毒性的污染物（氨、亚硝酸、硫化氢等）仍依赖有益的、有效的微生物予以分解利用转换为低毒性的硝酸盐，因此，EM可说是水族中的清道夫。

　　水族缸的水质恶化，大多归咎于投饵过多沉淀腐烂，或鱼只粪便未予吸出换水等，导致浮游生物、有害微生物（含病源体）异常繁殖，以致浮游水中的藻类光合作用及厌氧性细菌繁殖，进而演变成危害缸中鱼虾的氨、亚硝酸、硫化氢等浓度增加。当水质恶化时，不能依赖药物控制抵销，因使用药物反而破坏水缸的生态平衡。

　　水缸中担任分解过滤的微生物，可分为两大类：靠氧气生存的嗜氧性微生物，与不需氧气的厌氧性微生物。硝化菌属于嗜氧性的微生物，以利用氧气将对鱼虾有害的阿摩尼亚、亚硝酸予以氧化转换为无毒的硝酸盐。而将硝酸盐还原以氮气脱出的氮菌，即属于厌氧性微生物。嗜氧性与厌氧性微生物共同生存于过滤器的滤材内，担任着水缸中生态平衡的重要任务。

EM的功能

　　有益微生物除上述的功能外，还有其他的许多功能，以下将介绍水缸中常使用的微生物，并介绍其功能：

　　酵母菌

　　1、促进有机物的溶化；
　　2、可将葡萄糖以一次代谢形成“丙酮酸”，丙酮酸是好氧性醋酸菌及厌氧性酪酸菌所需要的基质（微生物的食粮）；
　　3、二次代谢实行成贺尔蒙、维他命、核酸等生理活性物质，为提供并促进植物生长的成分。

　　乳酸菌

　　1、增加光合成菌的作用，并做半腐态有机物的分解；
　　2、乳酸菌（属益菌类），可将镰胞菌（Fusarium）杀灭；
　　3、消除水中恶臭气体；
　　4、促进有机物的发酵分解。

　　光合成菌

　　存在于自然界中的厌氧性有益微生物，能在光照下或缺氧中进行分解有毒物质。目前水族界较常利用的光合成菌以：红色硫磺光合成菌、红色非硫磺光合成菌、绿色硫磺光合成菌为主。

　　高浓度的光合成菌液体呈现扑鼻的水沟臭味，约以一滴（1/23cc）使用于100公升水缸。业者出售时，以培养至去势阶段（消费者不能再予以繁殖），

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