连续性或间歇性控制卵圆鞭毛虫时有效用，但却始终无法将它们完全根绝的原因。

　　最新有效的处理方式

　　首先排空水族箱，以淡水清洗或浸泡，然后再注水，但这种方法仍无法根除卵圆鞭毛虫；在移除水族箱内所有鱼类和其他动物后，以下列三种方式再做一次安全措施:

　　（1）将含有海水的水族箱空置6～8星期以确定所有的双鞭毛孢子都已蜕变并且死亡。此项程序可通过提高温度到35℃以上，可缩短至2个星期。

　　（2）于每升水中添加4毫升的漂白剂浸泡在水族箱内，循环24小时，然后用淡水彻底冲洗水族箱，再重新开始饲养。

　　（3）将水族箱排空，并让它完全干燥，再重新注入新水，因为双鞭孢子虫，甚至是孢囊体中的卵圆鞭毛虫，都无法在干燥环境下存活下来。

　　预防和控制卵圆鞭毛虫的界限上并不十发明显。一般以淡水浸泡就能清除新鱼大部分的寄生虫，但一些已深陷在鳃瓣或体表黏液中的卵圆鞭毛虫，仍会在水族箱中成长和繁殖。附有紫外线杀菌灯或硅藻土过滤器的水处理系统，对病原菌的控制有实际的助益，但仍未被证明可以完全有效地控制。因此预防的最好方法，就是对新鱼进行无药物的检疫隔离，但若卵圆鞭毛虫仍未完全清除之下，使用铜配剂药物控制，仍不失为一有用的处理。

　　当前市售的SERA治卵圆虫A+B剂能有效地控制卵圆虫的活动，达到治疗的效果。治疗后，再以SERA铜测试剂检验铜离子的浓度，并利用SERA水质安定剂迅速地中和铜离子即可

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