ballast waters）运搬的外来种海水鱼的例子则尚不多，已知者包括一种欧洲鲈（Gymnocephalus cernua）会吞食当地白鱼（Coregonus spp.）的卵；欧洲三棘鱼（Gasterosteus aculeatus）移入北美后与当地族群杂交；？痕瞗]Acanthogobius flavimanus）从亚洲引入旧金山后成为当地之显着种等。

（3）污染 —— 人类所制造的成千种污染物质可以呈溶解状态或附着在悬浮颗粒上，再经由下水道或雨水、河水流入海中，特别是重金属、残氯、杀虫剂、肥料、清洁剂、石油等毒物，以及过多之有机、无机营养盐，造成水质优氧化，再经食物链传递的生物累积效用，影响到其他鱼种甚或海鸟及海哺类动物，乃至人类本身。来自空气污染的酸雨，若改变河水之pH值（< 5.6）也会影响鱼类的存活。由于鱼类是水域环境优劣的重要生物指针，所以我们也常利用鱼类在族群、群聚或形态、生理、生化、成长、生殖、行为乃至分子生物上的改变作为水质监测的指针。

（4）商业捕捞 —— 人类的过渔行为和自然水域中大鱼吃小鱼有基本性质上的差异，后者则是很有智能地只吃年幼或年老体弱不健康的个体，不会笨到赶尽杀绝，而最后自己饿死。但人类的捕鱼却常是不分大小（年龄）、不分性别，甚至不分种类一网打尽。更糟的是把正要去产卵洄游的鲑、乌鱼、飞鱼等中途拦截，鱼卵俱获，或是竞相捕捞那些好不容易才长到可以产卵繁殖的大型石斑、鲨鱼、鲔鱼、旗鱼等等。在这种不懂何谓永续经营的愚蠢行为下，鱼类资源自然迅速衰退。许多鱼种虽未完全绝种，但已由过去的重要经济鱼种，变成现在已无商业价值的“商业性灭绝”，譬如太平洋魦？县卺翔|的鳀鱼即为其例。“过渔”的问题不单是资源量锐减，使再生性资源一蹶不振，它同时会使鱼演化成生殖期提前，产卵季缩短，体型小型化等效应。当族群量一旦萎缩到遗传多样性过低的瓶颈效应时，物种随即灭绝。此外，误捕造成资源的浪费亦甚严重，如在东南亚的虾拖，为拖1kg的虾，其细密的网具可浪费3—130倍的小鱼（下杂鱼），受波及的种类则超过100种之多。幼鱼资源受破坏后，在无足够补充量的情况下，自然就抓不到大鱼了。此外观赏鱼的水族饲育，或吃活海鲜的不良风气，也促使渔民使用氰化物下海大肆捕捞珍稀、色彩艳丽，或体大可食用的珊瑚礁鱼种，如蝶、棘蝶、隆头、笛鲷、鹦哥、粗皮、鯙、皮剥鲀、单棘鲀、雀鲷、金鳞鱼等许多鱼种即因此在迅速消失之中。

（5）全球气候变迁 —— 自公元1800年工业革命所制造的二氧化碳、甲烷、氟氯碳化合物、氧化氮等的温室气体，已使地球平均温度在本世纪增加了3℃，比起过去冰河期后之地球均高高出10倍之多。温室效应的结果使海平面上升0.3—0.7m，改变了海岸湿地、红树林及沼泽生态系，这些原本都是鱼类重要孵育场所。圣婴现象造成珊瑚白化，若加上人为破坏的推波助澜，将会使珊瑚万劫不复，仰赖珊瑚为生的珊瑚礁鱼类势必随之大量消失。此外海流的改变也会改变海水鱼类的分布范围；台风洪水及干旱造成鱼类栖地（特别是河川）的急剧改变也会对鱼类造成短暂的剧烈冲击

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