消化系统的最早是有内胚层细胞形成的原肠发展而来,在低等脊椎动物中(鱼类,头索动物),消化管的分化不是特别明显,例如鲨,七鳃鳗,的消化管,就没有大小肠的分化,食道也没有独立出来,有的鱼类没有胃,但大部分的鱼类,在胃与肠之间,通常有明显的幽门存在,这是消化管的一道缢缩部位,也有一些鱼类幽门部不很明显,但总胆管常在幽门略后通入肠中,也可以将之视为分界线的标志.

颌与牙齿,颌的出现是鱼类动物以至于脊椎动物演化的一件大事,它的出现,带动了齿,鳃,咽部,整个颅骨的进化,太复杂了,今天时间有限还不能详述

食道与胃,幽门之前的消化管一般成为前消化管,食道在鱼类中不很明显,但胃在大部分现存鱼类中已经存在,在鱼类的演化史中,一般推测,胃的机能先是为了用来储存来之不易,并且没有时间保证的大量的食物,然后是对食物的机械处理,最后才产生了消化酶.圆口类(棋赛慢,盲鳗)无胃,是原始性的表现,但一些真骨鱼也无胃,这可能是次生性的.

肠,主要的消化过程发生在后消化管,化学处理和吸收两大功能是由肠来完成的.值得一提的是,各主要鱼类中,都有肠部具有螺旋瓣的类型,这种具螺旋瓣的肠可能是脊椎动物中的原始情况,螺旋瓣大大增加了肠的表面积,使鱼类的短肠的机能得以大大提高,在鱼类中,螺旋瓣最明显的要见于鲨类,鲨类的螺旋瓣旋转数最多,该结构也存在于银鲛类(全头类软骨鱼),而且化石表明在盾皮鱼中也存在螺旋瓣,在硬骨鱼中,现代的肺鱼和低等的辐鳍鱼中都有保存.一些真骨鱼中也存在螺旋瓣的痕迹.圆口类七鳃鳗的肠中有低平的脊,这种结构被推测为退化的螺旋瓣,因为其寄生的特性,也许其食料比较容易消化?

肝和胰,均起源于内胚层,肝脏有分泌,解毒,储存,甚至排泄等功能,是最大的消化腺体,胰则是有分泌和内分泌的功能,是重要的消化腺文昌鱼有一个大的囊状突起,称为肝盲囊,被认为是脊椎动物肝脏的雏形.对于鱼类来说,肝脏细胞和胰脏细胞常常混合不易区别,共同行使外分泌消化的功能,统称为肝胰脏,另外一些胰的细胞也散见于鱼类的肠壁之中