鱼缸在经过一段时间之后必定会产生藻类，这种藻类与水草所带进来的黑毛藻、丝状藻不同，主要是绿藻与褐藻。
藻类过多会影响植物的光合作用，附着在缸壁上影响观瞻同时也对鱼有不良影响。

藻类形成的主要原因是因为缸中有机物所产生，所以只要有喂食，有养鱼就会有藻类，多少而以，是无法避免的现象。以下提供几个常用的方法来去除过多的藻类。

物理清除法:
简单的说就是拿刷子去刷，市面上卖的磁铁刷，鱼缸刷都很好用，同时并用换水，效果极佳。缺点是麻烦，角落等地方不易清除，而且常常会搞的整缸鸡飞狗跳，缸子一多更是大工程。

化学清除法:
使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附着在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。

生物清除法﹝最佳方式﹞:
使用除藻动物来控制藻类的数量，效果为三种中所花费时间较长，但最安全也最省力的方式。以下介绍几种常用的除藻生物。

1.笠螺:除藻动物首推笠螺，功能大概跟磁铁刷差不多强大。纵横鱼缸，天下无敌，连外挂过滤进水口都可以爬进去清。缺点为移动速度缓慢，且因其为汽水域生物﹝河海交界生物﹞，所以部分个体在淡水中容易死亡，只会生蛋，在正常水族箱中不会孵化。耐药性耐盐性极低，但因其除藻能力超强，仍居除藻生物首位。价格20～30

2.斑马螺:或称彩蛋罗，非苹果螺。除藻能力略逊于笠螺，适应性特性与笠螺相同但以身上如斑马般的鲜艳黑纹著称。价格20～30

3.苹果螺:除藻能力弱，且便便极多，但优点是容易繁殖，可以数量取胜，价格:随便网络上要都有。

4.白玉飞狐:吸壁鱼类的一种，体型稍大，号称能够有效清除黑毛藻，价格40～80。

5.小精灵:吸壁鱼类的一种，好养，喜食清苔，为清藻鱼类中较为有效的一种，价格20～25。

6.清苔鼠、黄金清苔鼠:吸壁鱼类的一种，为清藻鱼类中第二大的，可长到10～15cm长，且经过多位鱼友证实，只要有饲料喂的够多，清苔鼠会去抢食饲料，而且久了之后会有惯性，从此只会等饲料，不会清藻类，所以并不建议使用清苔鼠，价格10～20。

7.琵琶鼠、黄金琵琶鼠:吸壁鱼类的一种，俗称垃圾鱼，异形的一种，生存力极强，且可在台湾溪流中繁衍，是为台湾生态浩劫的代表鱼。同时也是清藻鱼类最大的，可以长到45～60cm长，清藻功能普通，食量奇大，与清苔鼠有同样的问题，所以除藻功能会更弱，绝不建议使用此种鱼类，价格20～30。

8.黑壳虾:除藻功能普通，推荐使用于草缸处理腐败之叶片，对于小细缝及叶片上的藻类有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有带菌的问题。价格:50元/两

9.大和藻虾:除藻功能与黑壳虾差不多，体型较黑壳虾大只